refactor: 重组目录结构，分离网站文件和参考文档

**目录变更**:
- docs/ → references/ (参考文档)
- site/ → docs/ (GitHub Pages 网站文件)

**更新文档链接**:
- README.md: 更新所有 docs/ 链接为 references/
- START_HERE.md: 更新所有 docs/ 链接为 references/
- DAILY_GUIDE.md: 更新所有 docs/ 链接为 references/

**原因**:
- GitHub Pages 只支持 / 和 /docs 目录
- 分离网站文件和学习参考文档，结构更清晰
- 符合 GitHub Pages 标准配置

🤖 Generated with [Claude Code](https://claude.com/claude-code)

Co-Authored-By: Claude <noreply@anthropic.com>

Author: chemark

DAILY_GUIDE.md

@@ -280,7 +280,7 @@
 **学习内容**：
 - [ ] 阅读 `module-6/README.md` - MCP 部分
 - [ ] 了解 MCP 服务器生态
-- [ ] 查看 `docs/MCP_CONFIGURATION_REPORT.md`
+- [ ] 查看 `references/MCP_CONFIGURATION_REPORT.md`
 
 **练习**：
 - [ ] 配置 GitHub MCP
@@ -295,7 +295,7 @@
 **学习目标**：掌握 Agents 的使用
 
 **学习内容**：
-- [ ] 阅读 `docs/CLAUDE_CODE_TIPS.md` - Tip 15 Agents
+- [ ] 阅读 `references/CLAUDE_CODE_TIPS.md` - Tip 15 Agents
 - [ ] 了解 agent 类型和使用场景
 
 **练习**：
@@ -369,7 +369,7 @@
 /exercise
 
 # 或查看文档
-cat docs/TROUBLESHOOTING.md
+cat references/TROUBLESHOOTING.md
 cat CHEATSHEET.md
 ```
 

README.md

@@ -32,15 +32,15 @@
 ```
 claude-code-learning/
 ├── 📂 .claude/              # Claude Code 配置
-├── 📂 docs/                 # 参考文档（故障排查、技巧等）
-├── 📂 site/                 # 🌐 GitHub Pages 网站文件
+├── 📂 docs/                 # 🌐 GitHub Pages 网站文件
+├── 📂 references/           # 参考文档（故障排查、技巧等）
 ├── 📂 module-1/             # 模块 1：基础认知
 ├── 📂 module-2/             # 模块 2：核心工具
 ├── 📂 module-3/             # 模块 3：Git 集成
 ├── 📂 module-4/             # 模块 4：Slash Commands
-├── 📂 module-5/             # 模块 5：Hooks 自动化
-├── 📂 module-6/             # 模块 6：MCP 与 Agents
-├── 📂 module-7/             # 模块 7：实战项目
+├── 📂 module-5/             # Hooks 自动化
+├── 📂 module-6/             # MCP 与 Agents
+├── 📂 module-7/             # 实战项目
 ├── 📂 projects/             # 实战项目目录
 ├── 🎯 START_HERE.md         # ⭐ 唯一学习入口
 ├── 📅 DAILY_GUIDE.md        # 每日学习计划
@@ -179,8 +179,8 @@ cat START_HERE.md
 - 📅 [DAILY_GUIDE.md](./DAILY_GUIDE.md) - 每日学习计划
 - 📘 [LEARNING_PLAN.md](./LEARNING_PLAN.md) - 完整学习计划
 - 🚀 [QUICK_START.md](./QUICK_START.md) - 30分钟快速上手
-- 📊 [docs/ASSESSMENT.md](./docs/ASSESSMENT.md) - 学习进度评估
-- 🔧 [docs/TROUBLESHOOTING.md](./docs/TROUBLESHOOTING.md) - 常见问题解决
+- 📊 [references/ASSESSMENT.md](./references/ASSESSMENT.md) - 学习进度评估
+- 🔧 [references/TROUBLESHOOTING.md](./references/TROUBLESHOOTING.md) - 常见问题解决
 
 ### 官方资源
 - 📖 [Claude Code 官方文档](https://docs.claude.com/en/docs/claude-code/)
@@ -237,18 +237,18 @@ cat START_HERE.md
 
 ### 遇到问题？
 
-1. 📖 查看 [故障排查指南](./TROUBLESHOOTING.md)
+1. 📖 查看 [故障排查指南](./references/TROUBLESHOOTING.md)
 2. 💬 在项目 Issues 中提问
 3. 📚 阅读官方文档
 4. 🔍 搜索社区讨论
 5. 💌 联系课程维护者
 
 ### 常见问题快速链接
 
-- [Claude Code 无法启动？](./docs/TROUBLESHOOTING.md#claude-code-无法启动)
-- [工具权限问题？](./docs/TROUBLESHOOTING.md#工具权限问题)
-- [MCP 连接失败？](./docs/TROUBLESHOOTING.md#mcp-服务器连接失败)
-- [Hooks 不执行？](./docs/TROUBLESHOOTING.md#hooks-不执行)
+- [Claude Code 无法启动？](./references/TROUBLESHOOTING.md#claude-code-无法启动)
+- [工具权限问题？](./references/TROUBLESHOOTING.md#工具权限问题)
+- [MCP 连接失败？](./references/TROUBLESHOOTING.md#mcp-服务器连接失败)
+- [Hooks 不执行？](./references/TROUBLESHOOTING.md#hooks-不执行)
 
 ## 🤝 贡献
 

START_HERE.md

@@ -18,7 +18,7 @@
 → 使用命令查看进度：`/progress` 或查看 [学习记录.md](学习记录.md)
 
 ### 📌 遇到问题？
-→ 查看 [docs/TROUBLESHOOTING.md](docs/TROUBLESHOOTING.md) **（15+问题解决）**
+→ 查看 [references/TROUBLESHOOTING.md](references/TROUBLESHOOTING.md) **（15+问题解决）**
 
 ### 📌 需要参考？
 → 查看 [CHEATSHEET.md](CHEATSHEET.md) **（快速速查表）**
@@ -125,16 +125,16 @@ module-7/ - 综合实战 ⭐⭐⭐⭐⭐ 专家
 ```
 
 ### 📋 参考文档（按需查看）
-- **docs/CHEATSHEET.md** - 常用命令速查
-- **docs/TROUBLESHOOTING.md** - 故障排查（15+问题）
-- **docs/CLAUDE_CODE_STATUS.md** - 界面状态说明
-- **docs/CLAUDE_CODE_TIPS.md** - 技巧大全（4000+行）
+- **references/CHEATSHEET.md** - 常用命令速查
+- **references/TROUBLESHOOTING.md** - 故障排查（15+问题）
+- **references/CLAUDE_CODE_STATUS.md** - 界面状态说明
+- **references/CLAUDE_CODE_TIPS.md** - 技巧大全（4000+行）
 - **ROADMAP.md** - 可视化学习路线
 - **ASSESSMENT.md** - 学习评估体系
 
 ### 📦 高级内容
-- **docs/MCP_CONFIGURATION_REPORT.md** - MCP 配置记录
-- **docs/GITHUB_PAGES_OPTIMIZATION.md** - 网站优化记录
+- **references/MCP_CONFIGURATION_REPORT.md** - MCP 配置记录
+- **references/GITHUB_PAGES_OPTIMIZATION.md** - 网站优化记录
 - **FINAL_SUMMARY.md** - 项目总结
 
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@@ -199,13 +199,13 @@ Week 6: 模块 7
 /tips
 
 # 查看故障排查
-cat docs/TROUBLESHOOTING.md
+cat references/TROUBLESHOOTING.md
 ```
 
 ### 常见问题
-- **Claude Code 无法启动？** → [故障排查 #1](docs/TROUBLESHOOTING.md)
-- **工具权限问题？** → [故障排查 #2](docs/TROUBLESHOOTING.md)
-- **Git 操作失败？** → [故障排查 #3-6](docs/TROUBLESHOOTING.md)
+- **Claude Code 无法启动？** → [故障排查 #1](references/TROUBLESHOOTING.md)
+- **工具权限问题？** → [故障排查 #2](references/TROUBLESHOOTING.md)
+- **Git 操作失败？** → [故障排查 #3-6](references/TROUBLESHOOTING.md)
 - **不知道学什么？** → 使用 `/progress` 命令
 
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